开发用于空间幻象的微环境检查工具包
栏目:专题报道 发布时间:2025-04-12 23:33
该报纸(实习生记者江林)最近,中国科学院上海营养与健康研究所的研究人员李洪(Li Hong)在中国科学院的营养与卫生研究所(Institute of Wentral and Science of Sciences)启动了基于工具基金检查的基于Python的空间oscillus。通过合并现有的高性能算法和新的独立发展方法,可以对评估进行灵活且多功能的分析,从而为空间微观环境提供各种评估技术。相关研究结果已发表在“基因组生物学”中。组织和微环境的结构在维持正常的生理功能和疾病发展方面起着重要作用。近年来,实验性实验技术的快速发展可以在组织中高通量的单细胞水平上获得kamolecular,从而加深了科学家对组织微环境的理解。但是,空间幻象的复杂性数据提出了计算挑战,现有的检查方法有些分散,并且可以立即对微观环境的空间结构进行全面评估的工具包。基于灵活的预处理模块,SOAP与来自许多空间轨迹平台的数据兼容,并系统地分析了来自六个尺寸的常见空间imics问题:空间结构域识别,空间表达趋势,时空表达模式,细胞共定位,细胞共定位,多细胞元素和插入式通信。研究小组使用许多空间幻象技术的数据集来测试肥皂,Kinuthe结果将在肿瘤和开发等各种应用方案中签署其在审查细胞和Gen的空间分布模式方面的效率。例如,肥皂设计用于细胞间通信和配体接触的新指标,这大大降低了假阳性,并成功地描述了危险组合NED与秘密配体审查(LR)和近距离结合结合LR;空间肥皂空间结构可以定义微环境肿瘤中的细胞微生态,从而计算肿瘤的空间异质性,并发现与患者预后相关的微生态。肥皂空间分解模块可以应用于小鼠的胚胎发育和肝损伤,并且可以获得时间表达的表达变化。相关信息纸:https://dii.org/10.1186/s13059-025-03550-5